เครื่องมือชนิดนี้จะใช้ทฤษฎีเดียวกันกับ FT-IR ต่างกันที่จะมีการนำกล้องจุลทรรศน์แบบใช้แสงในการกำหนดบริเวณที่จะวิเคราะห์ของตัวอย่าง ดังนั้นด้วยการใช้กล้องจุลทรรศน์จึงสามารถวิเคราะห์สิ่งปนเปื้อนที่มีปริมาณน้อยๆ หรือเฉพาะจุดได้ สามารถวิเคราะห์ตัวอย่างขนาดเล็กระดับ 20 ไมครอนได้